تخضع الشحنة لضريبتين، ضريبة وارد بنسبة 2% وضريبة قيمة مضافة بنسبة 14%. يحظر استيراد هذا الصنف دون موافقة هيئة الدواء المصرية. يجب أيضًا الحصول على موافقة استيرادية مسبقة من الحجر الزراعي. يجوز إعفاء واردات مصر من المنتجات الزراعية والمنتجات الزراعية المصنعة من الرسوم الجمركية بموجب شراكات مختلفة، بما في ذلك اتفاقية التجارة الحرة بين مصر وتونس والشراكة الأوروبية واتفاقية التجارة الحرة بين مصر وتجمع الميركسور واتفاقية شراكة مصر والمملكة المتحدة واتفاقية التجارة الحرة القارية الأفريقية.

تخضع بذور الخشخاش وإن كانت مكسرة عند استيرادها إلى مصر للضرائب والرسوم التالية: - ضريبة الوارد: 5.000 % - ضريبة القيمة المضافة: 14.000 % وتخضع بعض الدول العربية والأجنبية لاتفاقيات تجارية تمنح إعفاءات من ضريبة الوارد على استيراد بذور الخشخاش، ومنها: - اتفاقية التجارة الحرة مع دول مجموعة أ من القارة الأفريقية - اتفاقية التجارة الحرة مع دول مجموعة ب من القارة الأفريقية ويشترط لاستيراد بذور الخشخاش الحصول على موافقة مسبقة من الحجر الزراعي. كما يحظر استيرادها بغير موافقة مسبقة من هيئة الدواء المصرية ولا يجوز الإفراج عن الأصناف الواردة من دول الاتحاد السوفيتي السابق ويوغسلافيا.